尽管克鲁伊夫并未考取任何官方的教练资格证书，但一段全新的足球生涯却在教练席上向他热情招手。1985- 1986赛季伊始，他担任阿贾克斯俱乐部技术总监一职，并在这个位置上帮助球队捧回欧洲优胜者杯。此后，克鲁伊夫辞去技术总监职务。1988年，他再度踏上曾经还是球员时走过的那段旅程，离开阿贾克斯，投奔巴塞罗那，等待他的是一支挣扎在崩溃边缘的球队。

克鲁伊夫将 包括德国球星舒斯特尔在内的十多位球员清除出队，并以一批新星作为替代。很快他打造了那个时代最令人赏心悦目的豪门球队，勇夺1992年冠军杯冠军并取得西甲四连冠，巴塞罗那也赢得了“梦之队”称号。1996年在为巴萨供职八年后，克鲁伊夫与俱乐部再次分道扬镳。1991年，他接受了心脏搭桥手术，被迫戒烟，但到了1997年他再度受到心脏病的困扰，并为此发誓再也不会执掌教鞭，直至今日。克鲁伊夫的生涯不乏缺憾，更不乏为世人留下的宝贵足球遗产。在谈到自己荷兰队经历时他说：“我们向全世界展现了足球运动员是如何享受这项运动带给我们的快乐。你可以纵情欢笑，无忧无虑。我是那个时代的代表，只要踢出漂亮的足球，一切都是那样美妙。”

目前的巴萨和西班牙延续的“tiki-taka”战术被认为是起源于克鲁伊夫在1988年到1996年执教巴塞罗那，其享誉天下当然是在西班牙足球取得全面成功之后。tiki-taka核心理念是控球，控球是通过传球来实现的而非盘带。尽管该打法起源于西甲赛场，但很长一段时间并没有渗透到西班牙国家队乃至巴塞罗那的战术体系中，而将其“西化”的关键人物属阿拉贡内斯。