由于连战不胜,斯拉维萨被刘玉明拿下,李章洙在5月6日接过亚泰教鞭。5月14日中超第9轮,李章洙迎来他执教亚泰的首秀。虽然亚泰依旧不胜,但0-0的比分止住了球队下滑的颓势,也是亚泰本赛季首次没有丢球。
随后2轮比赛,亚泰以2个1-0分别战胜富力和永昌,取得2连胜,3轮收获7分。值得一提的是,李章洙执教亚泰的3场比赛都没有失球,让球队摆脱垫底的尴尬。带着3轮不败的成绩,李章洙率领马季奇重返工体,想在故地拿分彻底摆脱降级区。
不过工体留给韩国铁帅的记忆却并不美好。2006年12月11日,李章洙接受邀请,成为国安历史上第四位外籍主教练。2007年,李章洙率领球队打破了多项纪录,其中包括首次客场战胜申花和鲁能,并取得了俱乐部历史上最高的客场积分(26分)及最多的客场进球(20球),还第一次在中超联赛客场积分榜上名列榜首。最终李章洙带领北京国安队获得了亚军,追平了俱乐部历史上的最好联赛成绩。
2009年9月16日晚,李章洙正式下课。有意思的是,李章洙执教国安的最后一场比赛,对手恰恰是亚泰,当时御林军在工体0-2失利。最令李章洙郁闷的是,当时国安俱乐部并未给出让他下课的理由。
经过辗转,李章洙联赛中期来到亚泰,此前3轮保持不败拿到7分,而且球队也没有失球。但在工体,亚泰确实没有失利战胜对手,坐在指挥席上的李章洙流露出失望之情,韩国铁帅只能接受他执教亚泰后的首场失利。